66号档案明确了“零号档案处”这个神秘机构曾经存在过，在这份档案里，没有任何国民政府其他机构的参与，完全由“零号档案处”独立调查，并动用了一定程度的军事手段，证明这个机构不但存在过，而且起码是一个准军事机构。

重庆四面环山，有嘉陵江和长江两个天然屏障，崎岖多雾，自古易守难攻，且民风挺拔，死节者众，几无汉奸。当时重庆仍属于四川，日军高级军官曾发出“中国最好战的人都在四川”的感慨，从古至今亦有“川人从不负国”之说法。日军以武汉为据点，水陆进攻重庆，均以失败告终，才有了后来针对平民的战略轰炸。

那时候没有三峡大坝，长江水路湍急，三峡更是天险，夔门一带两岸山峰高耸入云，却相离仅数百米，架上几门岸防炮，什么军舰都是来送菜，再加上长江中遍布水雷，日军基本放弃了水路进攻的计划。

然而1943年4月4日，丰都江面却发生了一件不寻常的事件。

当时是清晨，江面上大雾弥漫，有渔船撞上了一个黑乎乎的铁疙瘩，该物体呈纺锤形，长约数十米，载沉载浮，不知道何时漂来，就在丰都一带的一个回水沱里，顺着水流徘徊不去。

渔民担心日军进攻，立即上报当局，半天功夫消息就到了重庆，当天下午，“零号档案处”开始封锁事发江面，并对该物进行了详细的调查。

这是一艘日军的潜小型二等潜水艇，编号为吕-103，水下排水量700吨左右，目前处于无人操控且动力系统全静止状态，判断该艇在上浮过程中突然丧失全部动力，包括电力系统，导致目前其排水量和质量大致相等，半沉半浮。

潜艇外观无损毁迹象，密封完好，调查人员无法进入，通过敲击回声的方法判断武器系统满载，但内部静寂无声，主舱门内部锁闭，证明内部应该有人员，倾向于全体死亡的推断。

但是当时长江水域两岸有岸防炮，水下有水雷，水流湍急，水道复杂，暗礁众多，根本没有潜艇通航的条件，这艘日军潜艇是如何神秘到达丰都水域，又是如何变成内部完全封闭的鬼船，完全没有头绪。

档案中提出了在艇身上方切割窗口进入的调查方案，但是随后赶来的美国军事代表强烈反对，最后只好作罢，美国方面提出了一个匪夷所思的要求：不破坏潜艇任何外观，保持密闭状态，拖移至长江主水道，让其顺水飘移到日军控制区域。

重庆当局当然不能同意，和日本正在打仗，怎么能把装备拱手送回去，最后的处理方式是：就地沉江。

美国方面坚持要自己的技术人员来进行这项任务，他们没有使用任何炸药手段，而是小心翼翼地使用某种工具从外部打开了潜艇的两个水箱，最终这艘神秘的鬼船缓缓沉入长江。

在档案的背后，记录着“零号档案处”的疑惑：美国人似乎很恐惧潜艇的密封性被破坏，他们坚持不准我们用炸药，就好像里面关着什么怪物，不能让它被放出来一样。

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