秦咸阳城遗址按照遗存分布情况，分为三大功能区：宫殿与官署区、郭区、陵与墓葬区。

秦咸阳城遗址历年考古发掘工作中出土各类遗址、遗迹及文物，其中战国中期至秦末中型墓128座，城址内外出土文物以砖、瓦、瓦当等建筑材料为最多，另有铁器、铜器、陶器类生活用具、工具、兵器及货币等。

阿房宫遗址

阿房宫位于渭水之南的秦上林苑中，遗址在今西安市三桥镇西北之新军寨、后围寨、南王寺村和平村北缘一线，纵长5千米，横宽3千米，遗址面积约15平方千米。

阿房宫遗址内仍保留地面的夯土台基还有二十余处，包括阿房宫前殿基址以及周边分布的上林苑一至六号、兰池宫、上天台、祭地坛、磁石门、好汉庙等建筑基址。

六国宫室遗址

“六国宫室”遗址位于渭城区窑店镇北的头道原上。据《史记·秦始皇本纪》记载：秦国“每破诸侯，写放其宫室，作之咸阳北阪上。”因六国灭亡有先后，六国宫室的建造时间和地点亦当不同。经勘查，在毛王沟附近宫殿建筑遗址曾出土楚国形制的瓦当，在柏家嘴曾出土燕国形制的瓦当，在怡魏村曾出土齐国形制的瓦当。这些发现都为确定六国宫室的具体位置和进一步进行考古研究，提供了线索。

兰池宫遗址

兰池宫遗址位于渭城区正阳乡柏家嘴，西距秦咸阳一号宫殿遗址约3.5公里，盖即今渭河发电厂厂区。《史记·秦始皇本纪》云：三十一年“始皇为微行咸阳，与武士四人俱，夜出逢盗兰池。”此“兰池”盖即兰池宫。此处有一台阶式秦代建筑群遗址，已发现夯筑基址6处。在编号为“兰一号”遗址的北部暴露有6.5米的房屋地面，秦代的弯曲陶水管仍残存于断崖夯土中间。在遗址堆积层中发现有细绳纹筒瓦、板瓦、铺地方砖，龙凤纹和素面空心砖及饕餮纹、蝉纹、变形兽纹与各种云纹瓦当多件，其风格大多与秦咸阳一号宫殿遗址出土的相似。

秦咸阳宫

咸阳宫遗址为秦代宫殿，占地面积3.72平方千米，北部原区宫殿很多，西起窑店镇胡家沟村，东至肖家村乡柏家咀村，因受到渭河北移的影响，遗址破坏比较严重，整体布局不详，大部分宫殿遗址在咸阳城址北部的阶地上。

府库遗址

府库遗址位于西咸新区秦汉新城窑店镇，地处秦都咸阳城宫区以西的胡家沟塬地。

2014年，陕西省考古研究院曾在此府库遗址范围内勘探发现了五组大型夯土建筑基址，建筑四面为夯土垣墙，墙体厚达3米左右，总长110米，宽19.5米，内部有结构相似的4个大房间，每个大房间中又有形式不一的窄墙，府库遗址出土了大量板瓦、筒瓦、空心砖等建筑材料外及编磬。[14]

府库遗址中出土的编磬有使用过的痕迹，其中23件残块上有刻文，是秦小篆字的“北宫乐府”等内容，为秦咸阳城考古中首次根据遗物自证了建筑属性是储存包括编组石磬等礼乐用具在内的秦代大型府库，也再次证实了秦代设乐府的史实。